Pembentukan Partai Kebangkitan Bangsa berawal pada pertemuan para kiai Nadhatul Ulama di Pondok Pesantren Laangitan, Tuban,  Jawa Timur yang diasuh oleh Kiai Haji Abdullah Faqih. Dalam pertemuan pada Mei 1998 membicarakan mengenai situasi  terakhir negeri dan perlu adanya perubahan besar untuk menylamatkan bangsa dari kehancuran. Mereka mengembangkan pernyataan resmi, yang dikirim oleh Kyai Muchid Muzadi dari Jember dari Gus Yusuf Muhammad untuk disampaikan kepada Presiden Soeharto. Namun sebelum mereka sempat menyampaikan pernyataan tersebut, Soeharto mengundurkan diri pada 21 Mei 1998.

Tidak lama setelah rezim Orde Baru lengser, digelar istighosah akbar Jawa Timur mengumpulkan para kiai Nadhatul Ulama dikantor Pengurus Wilayah NU (PWNU) Jawa Timur dan meminta K.H Muhammad Cholil Bisri dari Rembang, Jawa Tengah untuk menggagas pendirian partai untuk wadah aspirasi politik NU. Awalnya, Cholil menolak langkah tersebut karena Cholil masih ingin fokus di pesantren. Namun, Bisri akhirnya mengalah dan menerima peran kepemimpinan dalam partai yang akan dibentuk tersebut. 

Seminggu kemudian, pada 6 Juni, Cholil Bisri bertemu dengan para kyia  guna membicarakan pembentukan partai baru tersebut. Undangan telah disampaikan melalui telepon dan lebih dari 200 kyai menghadiri pertemuan yang digelar di rumah Cholil Bisri di Leteh, Rembang, Jawa Tengah. Rapat ini menghasilkan pembentukan “Panitia Tetap” yang beranggotakan 11 orang, dengan Bisri sebagai ketua dan Gus Yus sebagai sekretaris. Secara bergantian, panitia ini bekerja secara maraton, menyiapkan platform dan komponen partai, termasuk logo yang akan menjadi lambang partai. Logo tersebut dibuat oleh KH A. Mustofa Bisri. 

Pengurus Tetap dan perwakilan NU mengadakan konferensi besar di Bandung , pada tanggal 4 Juli 1998, yang dihadiri oleh 27 perwakilan daerah. Dalam pembahasan nama organisasi tersebut, berbagai nama yang diusulkan adalah “Partai Kebangkitan Bangsa”, “Partai Kebangkitan Nahdlatul Ummah” dan “Partai Ummat”. Nama yang dipilih sebagai nama resmi partai adalah Partai Kebangkitan Bangsa (PKB). Deklarasi partai berjumlah 72 orang yang mewakili usia organisasi NU, terdiri dari Tim Panitia Tetap (11), Tim Pendamping Lajnah (14), Tim NU (5), Tim Pendamping NU (7), dan dua orang Wakil. dari masing-masing 27 wilayah (27 x 2). Ke-72 pendiri menandatangani Platform Partai dan komponen-komponennya. Namun setelahnya, PBNU memutuskan hanya lima orang yang bisa menjadi pengusung partai tersebut. Kelimanya adalah Munasir Ali, Ilyas Ruhiat, Muchid Muzadi, KH A. Mustofa Bisri, dan Abdurrahman Wahid yang merupakan Ketua Umum PBNU. 72 nama asli deklarasi partai itu dihapus PBNU.

Usai pembentukan partai, deklarasi pun dilaksanakan di Jakarta pada 29 Rabiul Awal 1419 H atau 23 Juli 1998. etelah pendeklarasian tersebut, PKB bersiap dalam menghadapi Pemilihan Umum 1999 dengan sistem yang tidak berbeda jauh dari Pemilu pertama tahun 1955 dan 1971. Pada pemilu 1999 PKB berhasil meraih sekitar 12,61% suara nasional dan mendapatkan 51 kursi di DPR RI. Abdurrahman Wahid kemudian terpilih sebagai Presiden Indonesia melalui sidang MPR. 

PKB mulai mengalami penurunan suara menjadi 10,57% dan memperoleh 52 kursi di DPR. Dalam Pilpres 2004, PKB mendukung pasangan Wiranto-Salahuddin Wahid, namun mereka tidak lolos ke putaran kedua. PKB kembali mengalami penurunan suara menjadi 4,95% dan mendapatkan 27 kursi di DPR. Partai ini tetap menjadi bagian dari koalisi pemerintahan. 

Pada Pemilu 2009 PKB bangkit dengan memperoleh 9,04% suara dan mendapatkan 47 kursi di DPR. Partai ini mendukung pasangan Joko Widodo-Jusuf Kalla dalam Pilpres 2014. Pada pemilu 2019 PKB terus menguat dengan perolehan 9,69% suara dan 58 kursi di DPR. Partai ini kembali mendukung Joko Widodo, kali ini berpasangan dengan Ma’ruf Amin, yang akhirya terpilih sebagai Presiden dan Wakil Presiden Indonesia.