Pada Kongres Nasional 1993, Megawati Soekarnoputri terpilih sebagai Ketua Umum Partai Demokrasi Indonesia, salah satu dari tiga partai politik yang diakui oleh pemerintahan “Orde Baru” Presiden Soeharto. Hasil ini tidak diakui oleh pemerintah, yang terus mendorong Budi Harjono, calon ketua umum yang dipilihnya, untuk dipilih. Kongres Khusus diadakan di mana pemerintah mengharapkan Harjono terpilih, tetapi Megawati sekali lagi muncul sebagai pemimpin terpilih. Posisinya semakin terkonsolidasi ketika Majelis Nasional PDI meratifikasi hasil kongres. 

Pada bulan Juni 1996, Kongres Nasional kembali diadakan di Kota Medan, di mana Megawati tidak diundang, anggota anti-Megawati hadir. Dengan dukungan pemerintah, Suryadi, mantan ketua umum, terpilih kembali menjadi Ketua Umum PDI. Megawati menolak mengakui hasil kongres ini dan terus memandang dirinya sebagai pmimpin sah PDI. 

Pada 27 Juli 1996, Suryadi mengancam akan mengambil kembali markas PDI di Jakarta. Para pendukung Suryadi (kabarnya dengan dukungan pemerintah) menyerang Markas Besar PDI dan menghadapi perlawanan dari pendukung Megawati yang di tempatkan di sana sejak Kongres Nasional di Medan. Dalam bentrokan berikutnya, pendukung Megawati berhasil bertahan di markas. Kerusuhan pun terjadi pada tahap yang dianggap terburuk yang pernah dilihat Jakarta pada masa “Orde Baru” yang disusul dengan tindakan keras pemerintah. Pemerintah kemudian menuding kerusuhan itu terjadi pada Partai Rakyat Demokratik (PRD). Meski digulingkan sebagai ketua oleh Suryadi dan pemerintah, acara tersebut sangat mengangkat profil Megawati, memberikan simpati dan popularitas nasional. 

PDI kini terpecah menjadi dua fraksi, Megawati dan Suryadi. Fraksi Megawati ingin berpartisipasi dalam pemilihan legislatif 1997, tetapi pemerintah hanya mengakui fraksi Suryadi sebagai partai yang sah. Dalam pemilu, Megawati dan pendukungnya memberikan dukungan kepada Partai Persatuan Pembangunan dan PDI hanya meraih 3% suara. Menyusul pengunduran diri Soeharto  dan pencabutan batasan “Orde Baru” pada partai politik nasional, Megawati mendeklarasikan pembentukan PDIP, menambahkan sufiks “perjuangan” untuk membedakan fraksi partainya dari fraksi yang didukung pemerintah. Dia terpilih sebagai ketua umum PDIP dan dinominasikan sebagai wakil presiden pada tahun 1999.

PDI-P menjadi partai pemenang dengan perolehan suara terbesar dalam pemilu 1999. Namun, dalam pemilihan presiden di MPR, Megawati gagal menjadi presiden dan hanya menduduki posisi Wakil Presiden mendampingi Abdurrahman Wahid. Pada Pemilu 2004 PDI-P mengalami penurunan suara, dan Megawati kalah dalam pemilihan presiden melawan Susilo Bambang Yudhoyono.

Pada pemilu 2009 PDI-P kembali mengalami penurunan suara dan tetap berada di luar pemerintahan. Pada pemilu 2014 PDI-P berhasil mengusung Joko Widodo sebagai calon presiden dan memenangkan pemilu, menandai kembalinya PDI-P ke pemerintahan. Pada Pemilu 2019 PDI-P kembali memenangkan pemilu dengan mengusung Jokowi untuk periode kedua.