Pada Januari 2013, KPU menetapkan 10 partai politik yang lolos tahapan verifikasi adminitrasi dan faktual, dan menjadikan Partai NasDem sebagai satu-satunya partai baru yang lolos sebagai peserta pemilu 2014. Pada bulan yang sama, partai ini diramaikan oleh isu terjadinya konflik di tataran para elit partai. Ketua Majelis Tinggi Partai NasDem, Surya Paloh, kabarnya akan dicalonkan sebagai Ketua Umum Partai NasDem pada Kongres Partai NasDem yang akan diadakan pada 25 Januari 2013 di Jakarta. Pada bulan tersebut juga terjadi aksi pemecatan terhadap Sekjen DPW DKI Garda Pemuda NasDem, Saiful Haq, sekaligus pembekuan kepengurusan DPW tersebut. Pada kongres perdana partai ini, yang diadakan pada Januari 2013, seluruh peserta kongres Partai NasDem yang berasal dari seluruh Indonesia secara aklamasi sepakat mengangkat Surya Paloh sebagai Ketua umum partai NasDem yang baru, menggantikan Patrice Rio Capella. Pada 17 Mei 2023, Sekretaris Jenderal Partai NasDem, Johnny G. Plate telah ditetapkan sebgai tersangka kasus korupsi proyek Infrastruktur BTS 4G pada daerah terdepan, terpencil dan tertinggal yang di perkirakan mengakibatkan kerugian negara lebih dari Rp8 triliun.